Fuu Kasumi, uma garçonete desastrada, vivia seus dias trabalhando pacificamente em uma pequena casa de chá até que tudo mudou quando ela derrubou acidentalmente uma bebida sobre um cliente. Um grupo de samurais começou a assediá-la, e ela, desesperada, pediu ajuda a Mugen, outro samurai presente, que rapidamente os derrotou com seu estilo de luta selvagem, incorporando movimentos que lembram breakdance. Infelizmente, Mugen então provocou uma briga com o relutante ronin Jin, que utiliza uma técnica de espada mais precisa e tradicional, revelando-se um oponente formidável. O problema é que a luta destruiu toda a loja e resultou na morte acidental do filho do magistrado local.
Pelo crime, os dois samurais foram capturados e condenados à execução. No entanto, Fuu os resgatou e contratou a dupla como seus guarda-costas. Embora não tivesse para onde voltar, a ex-garçonete desejava encontrar um certo samurai que cheira a girassóis e contou com a ajuda da agora exonerada dupla. Apesar de inicialmente desaprovarem, os dois acabaram concordando em ajudar a garota em sua missão. Assim, os três embarcam em uma aventura para encontrar esse misterioso guerreiro — isto é, se Fuu conseguir impedir que Mugen e Jin se matem.
Ambientado em um Período Edo alternativo do Japão, Samurai Champloo acompanha a jornada desses três indivíduos excêntricos em uma épica busca cheia de ação, comédia e duelos de espada dinâmicos, tudo ao ritmo de uma trilha sonora única com influências de hip-hop.
