12年前、巨大な妖狐が世界を荒廃させた。混乱の中、火影であり隠れ里の指導者にして最強の忍者である者が、その獣を新生児に封印するために命を捧げ、人類を救ったが、その赤ん坊を孤立した人生へと追いやった。現在、成長したうずまきナルトは依然として村人から蔑まれ、いじめられ、その怒りをいたずらや軽微な破壊行為へとぶつけている。しかし、火影になって認められたいという彼の野心は揺るがない。才能あるうちはサスケと聡明なはるのサクラと共に第七班に編入され、謎めいたはたけカカシの指導のもと、危険な任務に挑む。班は数々の脅威や敵と対峙するが、各メンバーは自身の内なる悪魔と向き合い、技を磨かなければならない。サスケを凌ぎ、サクラの心を掴もうとするナルトの激しい欲求が彼を前に進めるが、彼らを結びつける共有された悲しみと苦痛が、最終的に班を分断する可能性もある。