あらすじ
高校生のAyato Kaminaの日常が、高度な戦闘機による東京への攻撃によって崩れ去る。混乱の中、彼は秘密政府組織TERRAのエージェントであるHaruka Shitowと出会う。彼女はAyatoが、東京を隔離・支配しようとする次元の存在ムリアンによって作られた時空の歪み「東京ジュピター」の中に住まわされていることを明かす。TERRAは都市の防護壁を突破しようとしていた。この真実を知ったAyatoは動揺し、逃げ出す。そこでクラスメイトのReika Mishimaと再会する。彼女はAyatoをXephonの神社へ導き、歌を歌うことで彼の中に眠る力を目覚めさせる。その力によりAyatoは巨大な卵から現れた存在RahXephonとリンクする。やがてHarukaがAyatoを見つけ、ムリアンとの戦いに加わるよう促す。TERRAとムリアンの狭間に巻き込まれていくAyatoは、自らの目的を見失い、操作された記憶に翻弄され、この混乱した新世界で自分自身の正体を問い続ける。
