2071 年、人類は星々へと広がったが、依存症や犯罪といった地上の課題に未だ悩まされている。物語は、賞金稼ぎとして宇宙を巡り犯罪者を追うスパイク・シュピーゲルとジェット・ブラックに焦点を当てる。スパイクの気さくな態度の裏には苦難の過去が隠されており、ジェットは自身の痛みを伴う記憶と向き合いながら、スパイクと彼らの家兼船である Bebop の世話をしている。やがて、魅力的な詐欺師フェイ・バレンタイン、奇抜な少女エドワード・ウォン・ハウ・ペペル・ティヴルスキー 4 世、そして遺伝子操作されたウェルシュ・コーギーの Ein が仲間に加わる。Bebop のクルーは強い絆を育み、様々な犯罪者を逮捕するが、スパイクの暗い過去に結びつく迫りくる脅威に直面する。敵の危険な策略に直面し、スパイクは復讐を求めるか、新しい家族を大切にするかを決断しなければならない。