Tokyo Ghoul √Aにおいて、Ken Kanekiは以前は恐れて否定していた自身の ghoul としての側面を徐々に受け入れ始める。監禁と拷問というトラウマ的な出来事の後、Kaneki は自らを誘拐した残虐な ghoul 派閥である Aogiri Tree への加入を選ぶ。この決断により、友人たちは彼の忠誠心を疑い、真の意図について疑問を抱く。
人間と ghoul の間の緊張が高まる中、政府の専門的な ghoul 対抗部隊である Commission of Counter Ghoul は、東京のすべての ghoul を根絶するという任務を強化する。この増大する危険は、Kaneki の友人たちと元同僚たちが Anteiku コーヒーショップで維持していた微妙なバランスを脅かす。そのリスクを理解した Kaneki は、自身の人間性の最後のかけらさえも試す一連の戦いに身を投じる。