魔法の危険に満ちた世界において、暴力に頼らず脅威を無力化する特殊な戦士であるインクイジターを育成する機関として、アンチマジックアカデミーが存在する。生徒たちは小隊に編成され、連携を促されている。その一つが第35試作小隊であり、地位が低く未熟なメンバーが多いことから「小魚小隊」と呼ばれている。その状況が変わるきっかけは、学園の規則を破り、魔女を殺害するという重罪を犯した元インクイジターである桜鳥オウカが、強制的にこの小隊に配属されたことだ。彼女の登場は小隊内に混乱を招き、特に気まずい雰囲気の小隊長である草薙タケルや、彼女の魔女に対する見解に反対する他の隊員との間で対立が生まれる。アンチマジックアカデミーでの地位を向上させ、成長するためには、この多様なメンバーが対立を乗り越え、効果的に連携を取る必要がある。