紅い太陽が消滅し、Arata Kasuga の町を存在ごと消し去った壊滅現象 Breakdown Phenomenon の後、現実が Arata の幼馴染であり従妹の Hijiri Kasuga から預かった魔導書によって人工的に再構築される。災難の調査のために Lilith Asami が現れ、Arata に本を差し出すか、死を選ぶかを迫る。その二択を拒否した Arata は、秘密裏に存在する Royal Biblia Academy に入学する。そこで彼は、Lilith を含め、それぞれが独自の能力を有するエリートメンバー Trinity Seven の他の六人の魔法使いと出会う。Hijiri を救うという決意に燃え、Arata と新たな仲間たちは、故郷の完全なる破壊を食い止め、大切な友人を元に戻すために過酷な旅に出る。