「呪術廻戦 呪霊淘汰戦 前編」において、カモ・ノリトシの体を乗っ取り、その後欠戸宿の体を乗っ取ったケンジャクは、人類を進化させ、一般人を抹殺するために数百年にわたって企てられてきた計画の次の段階を推し進める。渋谷事変後、五条悟が投獄されたことを受け、呪術界のトップリーダーたちは、十五歳の虎杖悠仁に対する死刑執行命令の再開を命じる。この指令を知らない虎杖は、長宗と行動を共にし、移動中に呪霊を祓いながら東京の空っぽな街を彷徨っている。一方、禅院家の新たな当主として任命された伏黒恵は、偏見に満ちた傲慢な禅院直哉に深い怒りを買う。恵を殺したいという欲求に駆られた直哉は虎杖に目をつけるが、虎杖の処刑を自ら行おうと決意した乙骨憂太も存在する。日本全土を舞台にした残酷なバトルロイヤルである「呪霊淘汰戦」が始まる。若き呪術師たちは、過去の因縁を清算し、五条を解放し、ケンジャクという脅威から世界を守るためにこの戦いに身を投じる。