『魔法科高校の劣等生第3期』において、魔法に反対する動きが様々な敵対グループによって勢いを増す。四葉家からの情報を元に、司波達也は腐敗した官僚や倫理に欠ける記者たちの策略を暴くために動く。彼は、第一高校を非公式な軍事訓練施設に変えようとした最初の襲撃を阻止することに成功する。しかし、最も危険な敵たちはまだ真の計画を明かしていない。妹の美雪と共に穏やかな生活を守るため、達也は再び、自分が誰にも翻弄されないことを証明しなければならない。

本作では

本作は『魔法科高校の劣等生』の四葉継承編を映画化したものである。新年の接待が四葉家の邸宅で開かれることになり、その招待状が送られてきた。今年、美雪と他の候補者たちが集まり、有力な一族の次期当主を決める。継承者になることは、美雪が兄を社会の辺境で生きる姿を二度と見続ける必要がなくなることを意味する。しかし、そのような役割を受け入れることは、ほぼ間違いなく政略結婚を要求することになり、美雪の心は激しい混乱に陥る。事態がさらに複雑になるのは、現在の当主が「美雪は達也の姉ではない」という驚くべき主張で、彼らの絆に疑念を投げかけたからである。新年を迎えるにつれ、彼らの関係は永遠に変化することになるかもしれない。