グリーン・ドルフィン・ストリート刑務所からの脱出後、ジョリーヌ・クウジョウはエルメス・コストロとエンポリオ・アルニョと手を組み、フロリダ全土を駆け巡る悪の神父エンリコ・プッチを追跡する。その頃、味方であるウェザー・レポートとナルシソ・アナスイはプッチの企みを阻止すべく急ぎ彼らに合流しようとしていた。両グループはプッチを追いかけながら、プッチのスタンド使いの軍団と激しく戦う。仲間たちが命がけで戦う中、プッチはケネディ宇宙センターへと向かい、ディオ・ブランドの遺志を継いで人類の自由意志を奪い、人々を運命に縛りつけることで、普遍的な幸福に基づくユートピアを創り出そうと目論んでいた。父であるジョタロが昏睡状態にある中、ジョリーヌは刑務所で磨いた技を頼りに、世界の未来を決定づけるプッチとの決戦に臨まねばならない。

本作では

アメリカの旧西部において、史上最高峰のレースが間もなく始まろうとしている。サンディエゴには数千名の参加者が集まり、5000万ドルの賞金と6000キロメートルを超える旅の機会を求めて競い合う。馬の時代が終焉を迎える中、参加者はあらゆる種類の乗り物を使用することが許可されている。エントリーした者たちは、過酷な試練に直面し、荒涼とした地形を1日最大100キロメートルも旅することになる。Steel Ball Run は、一風変わった極めて過酷な競技として知られている。元競馬騎手で現在は車椅子生活を送る青年、Johnny Joestar は、レースのスタートを見物するためにサンディエゴを訪れる。そこで彼は、武器の代わりに腰に2つの鉄球を帯びた参加者、Gyro Zeppeli と出会う。Johnny は、Gyro がその鉄球の1つを用いて驚異的な力を生み出し、戦闘中に敵が自らの銃を撃つように仕向ける様子を目撃する。混乱の中で Johnny は偶然にも鉄球に触れ、脚にエネルギーが走るのを感じる。2年間の麻痺から解放され、ついに立ち上がるのだ。鉄球の秘密を解明しようと決意した Johnny は、レースへの参加を決意し、Steel Ball Run 大陸横断の異様な旅へと旅立つ。