あらすじ
機動戦士ガンダムUC（ユニコーン）の物語の続き
宇宙世紀0096年、シャア・アズナブルが地球周回軌道の宇宙コロニーに人類を強制しようとした試みが失敗してから3年後、16歳のバナーガー・リンクスはサイド4で仲間たちと共に平和な日々を送っていた。 悪名高い専制主義の血筋の唯一の相続人であるオーデリー・バーンは、宇宙の運命を変え得るとされる謎の装置「ラプラスの箱」の鍵を確保しようと目論む。サイド4に乗り込み、オーデリーはシャアのネオ・ジオン残党であるスリーブズがその鍵を入手する前に回収しようとする。その探求はバナーガーと交わり、彼の人生を不可逆的に変えることになる。 スリーブズとその強力なパイロットであるマリダ・クルーズとフル・フロンタルによるサイド4への襲撃に対し、バナーガーは新たに建造されたガンダム・ユニコームの操縦を任され、友人たちと人類の未来を守るために立ち上がる。
本作では
U.C. 0097、ラプラスの箱が開かれてから1年後、ニュータイプを認める宇宙世紀憲章が公開されたが、世界の安定はほとんど変わっていない。スリーブズと呼ばれるネオ・ジオン派が敗北したことでラプラス事件は終結したと見なされている。最終決戦において、2機のフル装備のサイコフレーム搭載モビルスーツが人間の能力を遥かに超える力を発揮した。これらの脅威を一般の認識から遠ざけるため、ホワイト・ユニコーンとブラック・ライオンは隠蔽され、記憶から抹消された。しかし、2年前に姿を消したRX-0 ユニコーンガンダム03が、地球圏においてゴールデン・フェニックス、フェネックスとして再び現れようとしている。
