人類の存続を脅かす巨人との絶え間ない戦いの中、残された壁の住人たちの間に陰謀が蠢き始める。超大型巨人と鎧の巨人からの死に物狂いの脱出を果たしたエレン・イェーガーは、巨人化の力を完璧なものにすることに取り組む。一方、クリスタ・レンツは戦友の死を悼み、リヴァイ・アッカーマンはエレンとその仲間たちを擁する新たな特別作戦部隊を編成する。エルヴィン・スミス司令官が傷から回復し、部隊の士気が高まる中、政府が突然エレンとクリスタの引き渡しを要求したことで、この脆い平穏は打ち砕かれる。調査兵団の最近の勝利が注目を集め、リヴァイの過去から来た人物が二人を逮捕するために派遣される。今やリヴァイとその部隊は、エレンとクリスタを追手から守るため逃亡を余儀なくされる。恐ろしい巨人に対する生存のための戦争は激化するが、それ以上に狡猾な人間との裏切りがそれをさらに複雑にする。