『Hakuoki ~Fleeting Blossom Demon~ Kyoto Wild Dance』において、少年に扮した若きYukimura Chizuruは、行方不明の父であるKoudou博士を捜すため、平和な故郷を後にして京都へと旅立つ。到着直後、彼女が遭遇した二人の浪人による襲撃という危険な状況に直面する。反応する前に、白髪で赤い瞳を持つ謎の侍が二人の襲撃者を討ち取るが、直後に新選組の三人の隊員によってその侍も倒される。新選組は将軍に忠誠を誓う特殊警察組織である。その後の対峙の後、Chizuruは尋問のために新選組に拘束される。彼女が父こそが彼らが捜している人物であると知ると、隊長は彼女を自らの保護下に置きながら、捜査を継続することを許可した。Chizuruが副長であるToshizou Hijikataの補佐を行う中で、京都の政治的不穏、謎の白髪侍、そして自身の境遇が複雑に絡み合っている真相を解き明かしていくことになる。

本作では

映画版の第2部および最終部。シーズン1と2をカバーする。甲府城の戦いは敗北し、鬼はもはや昼間に縛られることはない。新選組の個々のメンバーはなおも生存しているが、彼らを結びつけていた絆は引き裂かれ、壊れている。原田、信三、斎藤が甲府からの脱出を図る中、千鶴は土方への約束を果たすため、土方と沖田が銃創からの回復に苦しむ中、近藤の護衛に当たる。土方は最大の試練に直面する。不老長寿の水を飲んだ彼は、もはや人間性を保つことと、血を必要とすること、そして鬼の力によって可能になった行いとの間で板挟みとなる。