1864 年の日本を舞台に、Hakuoki ~Demon of the Fleeting Blossom~ は、行方不明の父コウドウを捜す若き女性チズル・ユキムラを中心に展開する。コウドウは医師であり、自宅にほとんどいない人物だった。数ヶ月にわたり連絡がないため、チズルは男装して京都へ向かい、手がかりを求めた。不審な浪人を避けながら、彼女はある残酷な光景に偶然遭遇する。その場では、狂った白髪の存在たちが浪人を残忍に殺害していたのだ。新選組が介入し、攻撃者を排除した上でチズルを捕らえ、彼女を殺すか生かすかについて議論する。チズルが父の名を明かすと、新選組は彼女を保護することを決める。彼らもまたコウドウを探していたからだ。コウドウが新選組と深い関わりを持っていることが明らかになり、チズルは敵との戦いや、京都を揺るがす政治的混乱という、グループの苦難に巻き込まれていく。

本作では

『Hakuoki』の出来事の後、雪村千鶴と新選組は京都を去り、江戸へ向かう船に乗り込む。伊勢崎宗一郎がもはや彼らを率いていないため、土方歳三が指揮官として名乗り出る。この新たな役割の重さが土方に多大な圧力をかけ、仲間たちの懸念を招く。また、彼自身、突発的で制御不能な血の渇きに苦しみ、それが隊の他の者たちをも狂気に駆り立てる。宗一郎が帰還すると、城を護るという天皇の命を持ち帰り、彼らの組織を『黄葉陣』と改称する。しかし戦時下では、忠誠心は容易く揺らぐ。『Hakuoki 華の章』において、千鶴は行方不明の父親を探し続ける一方で、新選組と共に戦い、土方との絆を深めていく。