弱く臆病な者、例えば武藤遊戯は、いじめの対象になりがちだ。幼馴染の優しい真崎杏子が遊戯を守ってくれるが、遊戯はいつまでも彼女に頼ることはできないと気づく。城之内克也は、口うるさいライバルの本田広人と共にいることが多いが、決して悪意のある心ではない。遊戯が本当に望むのは、自分を理解し、決して裏切らない忠実な友人だ。遊戯は、祖父のゲーム店で発見された古代エジプトの遺物である千年パズルを宝物としている。パズルを解けば願いが叶うと信じた遊戯はそれを組み立て、新たな人格——「ゲームの王」と呼ばれる魂——を解き放つ。この別人格である闇遊戯は、遊戯とは対照的に、暗く、力強く、頼りになる存在だ。不正が起きると、闇遊戯は遊戯の体を乗っ取り、不正を行う者と「シャドウゲーム」に挑む。敗者は、自らの魂に隠された闇と向き合わねばならない。

本作では

ドミノ市では、カードゲーム『デュエルモンスターズ』が世界中を席巻していた。2人のデュエリストがモンスターカードを用いて対戦し、相手のライフポイントを2000から0にすることを目指す。臆病な少年、Shougo Aoyama は、その使い手には勝利が約束されているとされる伝説のカード『レッドアイズ・ブラック・ドラゴン』を擁するデッキを購入する。Shougo の獲得を聞いた野心家で冷酷な収集家、Seto Kaiba は、最も強力なカードを何としても手に入れようとあらゆる手段を尽くす。Kaiba はトーナメントを主催し、Shougo とそのライバルである Yuugi Mutou に挑戦を突きつける。これにより、Shougo は敗北への恐怖を乗り越えることを迫られる。