À la fin de l'ère Bakumatsu, un assassin légendaire nommé Hitokiri Battousai régnait sur le pays. Surnommé le tueur impitoyable sans rival, il s'est évaporé sans laisser de trace au cœur de la révolution japonaise. Bien qu'une décennie de paix se soit écoulée, la seule évocation de Battousai suffit encore à glacer le sang des anciens combattants.
Sans que personne ne le sache, Battousai a abandonné son passé sanglant pour expier ses crimes, vivant désormais sous le nom de Kenshin Himura, un épéiste vagabond joyeux et résolu. Ayant juré de ne jamais plus ôter une vie, Kenshin dévoue ses efforts à protéger les faibles. Un jour, il croise la route de Kaoru Kamiya au sein de son dojo de kendo, où elle est menacée par un imposteur se faisant passer pour Battousai. Après que Kenshin l'a secourue, Kaoru l'invite à séjourner au dojo, et l'ancien assassin décide de suspendre ses voyages pour un temps.
Rurouni Kenshin : Meiji Kenkaku Romantan suit les aventures de Kenshin alors qu'il tente d'aider ceux qui en ont besoin. Cependant, alors que des ennemis issus de son passé et de son présent commencent à réapparaître, ce tueur repenti parviendra-t-il à respecter ses nouveaux principes ?