Hakoniwa Academy Student Council

Après la victoire de Medaka Kurokami et de son conseil des élèves contre Myouri Unzen, l'académie Hakoniwa a brièvement connu la paix, mais celle-ci ne dure pas longtemps. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune et Mogana Kikaijima se retrouvent bientôt mêlés à un nouveau complot sinistre appelé le « Flask Plan », orchestré par le principal de l'école lui-même. Avant de pouvoir y faire face, le conseil doit d'abord s'occuper d'une nouvelle vague d'élèves surhumains qui se font appeler les « Thirteen Party », menés par l'arrogant mais redoutable Oudo Miyakonojou. Entre le mystérieux Flask Plan, la tyrannie d'Oudo et le retour d'un vieil adversaire, l'académie Hakoniwa reste loin d'être calme, laissant Medaka et ses amis dépassés alors que les choses deviennent encore plus anormales.

Medaka Kurokami incarne la perfection dans tous les sens du terme : elle est magnifique, brillante et douée sur le plan athlétique, avec une ambition sincère d'apporter le bonheur aux autres. Lorsqu'elle se présente à la présidence du conseil des élèves de la prestigieuse Académie Hakoniwa, sa victoire avec 98 % des voix ne surprend personne. Immédiatement après avoir pris ses fonctions, la présidente exubérante installe la « Medaka Box », une boîte à suggestions dans laquelle les élèves peuvent soumettre toute demande d'aide. Aux côtés de son ami d'enfance cynique, Zenkichi Hitoyoshi, qui est embarqué contre son gré pour l'assister, Medaka s'attaque à ces tâches à un rythme effréné. Pour chaque mission accomplie, elle place une fleur dans la salle du conseil des élèves, visant à terme à recouvrir toute l'école de fleurs. Mais à mesure qu'ils creusent, le duo découvre vite qu'aider les autres pourrait s'avérer bien plus difficile que prévu, dévoilant un complot sinistre qui cible à la fois l'académie et Medaka elle-même.