Synopsis
Après la victoire de Medaka Kurokami et de son conseil des élèves contre Myouri Unzen, l'académie Hakoniwa a brièvement connu la paix, mais celle-ci ne dure pas longtemps. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune et Mogana Kikaijima se retrouvent bientôt mêlés à un nouveau complot sinistre appelé le « Flask Plan », orchestré par le principal de l'école lui-même. Avant de pouvoir y faire face, le conseil doit d'abord s'occuper d'une nouvelle vague d'élèves surhumains qui se font appeler les « Thirteen Party », menés par l'arrogant mais redoutable Oudo Miyakonojou. Entre le mystérieux Flask Plan, la tyrannie d'Oudo et le retour d'un vieil adversaire, l'académie Hakoniwa reste loin d'être calme, laissant Medaka et ses amis dépassés alors que les choses deviennent encore plus anormales.
