Dans une version alternative d'une réalité bien connue, Yuki Nagata, une fille discrète qui adore lire et jouer, est la présidente du Club de Littérature du Lycée Nord. Ses seuls autres membres sont Ryouko Asakura, qui est excessivement prudente, et Kyon, tout à fait ordinaire. Yuki chérit les moments calmes et paisibles qu'ils partagent, surtout ceux passés avec Kyon, pour qui elle éprouve des sentiments romantiques. Leur cercle s'agrandit avec les visites fréquentes de Tsuruya et Mikuru Asahina, deux amies aux personnalités contrastées qui passent souvent au club.
Un jour froid de décembre, alors qu'elle rentre à son appartement, Yuki se laisse convaincre par une fille qui prétend essayer de capturer le Père Noël de dessiner des symboles étranges sur le sol. La fille se présente comme Haruhi Suzumiya, une étudiante excentrique de la prestigieuse Académie Kouyouen qui recherche des aliens, des voyageurs temporels et des espers. Quand Haruhi et son compagnon Itsuki Koizumi apparaissent soudainement dans la salle du club, ils se déclarent membres officiels, Haruhi s'installant comme présidente exécutive.
Avec les jours tranquilles du Club de Littérature désormais révolus, Yuki et ses amis sont entraînés dans une série de mésaventures sous la direction d'Haruhi – chaque événement rapprochant Yuki et Kyon l'un de l'autre.
