Misaki Takahashi et Akihiko "Usagi" Usami cohabitent depuis trois ans, et leur lien s'est développé sans problèmes majeurs. Mais toute relation solide rencontre des difficultés, et la leur commence seulement à en affronter. Un nouveau concurrent apparaît, poussant Usagi à s'inquiéter de savoir si les affections de Misaki lui sont toujours acquises.
Pendant ce temps, Ryuuichirou Isaka a longtemps pris plaisir à s'immiscer dans les affaires amoureuses de Misaki et Usagi, mais sa propre relation est loin d'être sereine. Lui et Kaoru Asahina, secrétaire d'Isaka, sont ensemble depuis plusieurs années, mais Asahina insiste pour maintenir une frontière claire entre travail et vie personnelle, ce qui crée fréquemment des tensions entre eux.
Quant à Nowaki Kusama et Hiroki Kamijou, alors que leur vie professionnelle commence à prospérer, ils se retrouvent de moins en moins de temps ensemble. Les moments qui leur restent s'amenuisent, laissant l'incertitude et le doute s'infiltrer dans leur relation. En revanche, la différence d'âge de dix-sept ans entre Shinobu Takatsuki et You Miyagi a toujours été un défi, mais alors qu'ils approfondissent leur compréhension mutuelle, leur ancienne conscience d'eux-mêmes s'estompe peu à peu.
Les couples adorés de Junjou Romantica, Junjou Egoist et Junjou Terrorist reviennent une fois de plus, accompagnés d'une nouvelle histoire : Junjou Mistake !