Synopsis
La vie paisible d'Ayato Kamina en tant que lycéen est bouleversée lorsque des avions de chasse futuristes attaquent soudainement Tokyo. Dans le chaos, il rencontre une femme nommée Haruka Shitow, qui prétend faire partie d'une organisation gouvernementale appelée TERRA. Elle révèle qu'Ayato a vécu à l'intérieur d'une bulle temporelle appelée Tokyo Jupiter, créée par les Mulians—des humanoïdes d'une autre dimension—pour isoler et conquérir Tokyo. TERRA tente depuis de percer la barrière de la ville. Submergé par cette révélation, Ayato panique et prend la fuite. Il croise alors sa camarade de classe Reika Mishima, qui le mène au Sanctuaire de Xephon, où un gros œuf sommeille. Elle se met à chanter, et un pouvoir inconnu s'éveille en Ayato, le connectant à un être appelé RahXephon qui brise l'œuf. Haruka le retrouve bientôt et l'incite à rejoindre sa cause : combattre les Mulians. Pris entre les feux croisés des Mulians et de TERRA, Ayato commence à s'interroger sur son but, aux prises avec des souvenirs altérés et, finalement, sa propre identité dans ce nouveau monde chaotique.