Il y a de nombreuses années, une jeune princesse subit une terrible perte lorsque ses deux parents moururent. Dévastée et inconsolable, rien ne semblait pouvoir la réconforter. Mais un prince errant vint lui rendre visite, espérant lui redonner le moral. Il essuya doucement ses larmes, lui remit une bague ornée d'un emblème de rose, et promit qu'aussi longtemps qu'elle la garderait, ils se reverraient un jour. Cette rencontre marqua profondément la jeune fille, Utena Tenjou, l'inspirant à devenir prince à son tour.
Des années plus tard, Utena s'inscrit à l'Académie Ootori, où elle remarque le même emblème de rose que celui de sa précieuse bague. Attirée par l'odeur des roses, elle aperçoit Anthy Himemiya qui s'occupe des fleurs, accompagnée du président du conseil des élèves, Touga Kiryuu, et du vice-président, Kyouichi Saionji, qui semblent se disputer à propos d'Anthy. Bien qu'Utena n'y prête guère attention, le conseil des élèves se réunit bientôt pour discuter d'une affaire cruciale.
Plus tard, un malentendu entraîne Utena dans le monde des Duellistes – ceux qui possèdent des bagues similaires à la sienne. Ces Duellistes se battent pour la possession de la Mariée Rose, Anthy Himemiya, qui est réputée détenir un grand pouvoir. Souhaitant prouver qu'elle est un vrai prince, et furieuse qu'Anthy soit maltraitée et objectifiée, Utena résout d'affronter les Duellistes et de la sauver de ce destin cruel.