Trente ans après la série originale Yo-kai Watch, un garçon de onze ans nommé Keita Amano utilisait une montre-bracelet capable de commander les Yo-kai, se liant d'amitié avec eux et accomplissant de nombreux exploits. En grandissant, cependant, il perdit sa capacité à voir les Yo-kai. La montre elle-même, capable de les contrôler, menaçait de perturber l'équilibre entre le monde humain et celui des Yo-kai, aussi fut-elle précipitée dans l'oubli au-delà du temps et de l'espace. Avec le temps, l'histoire de la montre capable de contrôler les Yo-kai tomba dans la légende. De nombreuses années plus tard, un virus Yo-kai appelé Onimaro commença à infecter les personnes animées de mauvaises intentions, se propageant de manière incontrôlable et les transformant en Kaodeka Oni, semant le chaos à travers la ville. Alors que la destruction menace, seuls ceux choisis par une nouvelle Yo-kai Watch peuvent se lever pour faire face à la menace imminente et sauver à la fois les Yo-kai et les humains d'une perte certaine.