Dans un futur ravagé où Tokyo-3, une métropole japonaise lourdement fortifiée, demeure le dernier refuge de l'humanité, l'histoire met en scène Shinji Ikari, quatorze ans. Ce dernier est convoqué au quartier général souterrain de la NERV, une organisation dirigée par son père, Gendou, avec qui il vit séparé. On lui demande de piloter un Evangelion, un mécha géant à forme humaine créé pour se battre contre les Angels, des entités extraterrestres monstrueuses dont les attaques dévastatrices menacent l'existence même de l'humanité. Bien que réticent au départ, Shinji finit par accepter de s'engager dans cette lutte désespérée contre la menace alien en tant que pilote de l'Evangelion Unit-01, espérant ainsi renouer avec son père. Jeté au cœur d'un conflit périlleux, il doit trouver la force et la détermination nécessaires pour affronter les assauts des Angels avant qu'il ne soit trop tard.