Tatsuo Kusakabe s'installe avec ses deux filles, Satsuki et Mei, à la campagne au Japon des années 1950 pour être plus proche de leur mère, hospitalisée pour une maladie chronique. Tandis que les sœurs s'habituent à la vie rurale, Mei repère un jour une petite créature évoquant un lapin dans le jardin. En la suivant dans la forêt, elle découvre Totoro, un gigantesque esprit de la nature magique, et devient rapidement son amie. Peu après, Satsuki rencontre également Totoro, plongeant les deux sœurs dans un univers rempli d'aventures naturelles enchantées et d'êtres merveilleux habitant les bois.