Kafka Hibino et Mina Ashiro, amis depuis l'enfance, avaient prêté serment de rejoindre la Force de Défense, l'armée chargée de protéger le Japon contre des monstres gigantesques nommés kaijuu, après la destruction de leur ville natale. Des années plus tard, à 32 ans, Kafka a renoncé à son rêve de héros pour nettoyer les cadavres de kaijuu abattus par des soldats valeureux, parmi lesquels Mina qui a réalisé leur ambition commune.
En rencontrant son nouveau collègue Reno Ichikawa, Kafka retrouve l'image de son jeune moi : un homme ambitieux désireux de se battre dans la Force de Défense. Cependant, les deux hommes sont rapidement entraînés dans un incident étrange impliquant un kaijuu errant. Kafka sauve Reno d'une mort imminente, révélant ses instincts héroïques innés, mais subit de graves blessures.
Pendant leur rétablissement à l'hôpital, Kafka semble être attaqué par un autre kaijuu. Cet événement lui confère la capacité de se transformer en un kaijuu humanoïde, héritant de la force et des pouvoirs des monstres colossaux qui menacent le Japon. L'armée le surnomme « Kaijuu No. 8 », et Kafka décide d'utiliser ses nouveaux pouvoirs pour le bien commun. Unis par un respect mutuel, Kafka et Reno se préparent à combattre aux côtés de guerriers comme Mina sur les lignes de front de la Force de Défense.