En l'An Après-Colonie 196, un an après la guerre civile intergalactique, la Terre et ses colonies restent dans un état de fragile statu quo. Convaincus que leurs Gundam ont fait leur temps, les héros de guerre Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton et Quatre Raberba Winner décident de se débarrasser des armes en les jetant dans le soleil. Cependant, la paix universelle est compromise avant même que les Gundam n'arrivent à destination par la montée de Mariemaia Khushrenada, l'unique enfant de l'ancien aristocrate tyrannique Treize. Mariemaia kidnappe la diplomate Relena Peacecraft et dévoile l'« Opération Meteor », visant à réaliser le rêve de domination mondiale de Treize depuis l'au-delà. Aidés par leur ancien adversaire Zechs Marquise et son mobile suit Tallgeese, les courageux pilotes doivent récupérer leurs Gundam pour mener une dernière guerre contre le régime Khushrenada, ce qui inclut d'affronter leur ancien camarade Wufei Chang, qui a désormais prêté allégeance aux objectifs de Mariemaia.