L'Alliance de la Sphère Terrestre Unie exerce un contrôle impitoyable sur la Terre et ses colonies spatiales depuis des décennies. Après que les colonies ont exprimé leur opposition, leur leader a été tué. En l'an After Colony 195, des rebelles des colonies lancent l'« Opération Meteor », envoyant cinq puissants mobile suits sur Terre pour se venger. Ces « Gundams », construits à partir d'alliage Gundanium quasi indestructible, déclenchent une offensive contre l'Alliance et son organisation subordonnée OZ. Un Gundam, piloté par quelqu'un utilisant le nom du leader colon tué Heero Yuy, s'écrase dans l'océan après un duel atmosphérique avec le meilleur pilote d'OZ, Zechs Marquise. En atteignant le rivage, il est découvert par Relena Peacecraft, la fille d'un politicien prônant la paix, qui est témoin de la descente de Heero. Bien qu'ils ne le comprennent pas encore, cette rencontre influencera profondément leurs vies, ainsi que celles sur Terre et dans les colonies spatiales.

Dans cette partie

En l'An Après-Colonie 196, un an après la guerre civile intergalactique, la Terre et ses colonies restent dans un état de fragile statu quo. Convaincus que leurs Gundam ont fait leur temps, les héros de guerre Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton et Quatre Raberba Winner décident de se débarrasser des armes en les jetant dans le soleil. Cependant, la paix universelle est compromise avant même que les Gundam n'arrivent à destination par la montée de Mariemaia Khushrenada, l'unique enfant de l'ancien aristocrate tyrannique Treize. Mariemaia kidnappe la diplomate Relena Peacecraft et dévoile l'« Opération Meteor », visant à réaliser le rêve de domination mondiale de Treize depuis l'au-delà. Aidés par leur ancien adversaire Zechs Marquise et son mobile suit Tallgeese, les courageux pilotes doivent récupérer leurs Gundam pour mener une dernière guerre contre le régime Khushrenada, ce qui inclut d'affronter leur ancien camarade Wufei Chang, qui a désormais prêté allégeance aux objectifs de Mariemaia.