Après s'être entraînés aux déclarations d'amour avec Yuu Setoguchi, Kotarou, le frère cadet de Natsuki Enomoto, et Hina, la sœur cadette de Yuu, luttent pour exprimer leurs propres sentiments amoureux. Bien que sa première rencontre avec le senpai Koyuki Ayase au collège se soit mal passée, Hina est captivée par son doux sourire. D'abord perplexe face à ces nouvelles émotions, elle finit par comprendre qu'elle a connu l'amour pour la première fois.
Déterminée à suivre son frère Yuu ainsi que son amour Koyuki, Hina rejoint le lycée Sakuragaoka. Mais les fils de l'amour s'étendent loin, enchevêtrant Hina et ses amis. Bien que vive et sensible, Hina espère déclarer ses sentiments au gentil Koyuki. Pendant ce temps, Kotarou, ignorant ses propres sentiments pour elle, résout de garder Hina toujours souriante.
Suki ni Naru Sono Shunkan wo.: Kokuhaku Jikkou linkai dépeint Hina, Kotarou et Koyuki durant leurs années de lycée. Leur romance juvénile forge de nouveaux liens tout en menaçant de briser ceux qui existent déjà.