Il y a trente ans, un cataclysmique séisme spatial a ravagé la masse continentale eurasienne, tuant plus de 150 millions de personnes dans un phénomène d'origine inconnue. Depuis, le monde subit des perturbations sismiques périodiques, bien que plus légères. Shidou Itsuka, un lycéen typique vivant avec sa jeune sœur Kotori, voit sa vie bouleversée lorsqu'un séisme spatial massif menace la ville de Tengu. Se précipitant pour sauver Kotori, Shidou est entraîné à l'épicentre et rencontre une mystérieuse fille connue sous le nom de Spirit, une entité surnaturelle capable de déclencher ces catastrophes. Pris entre le Spirit et l'Anti-Spirit Team, un groupe militariste voué à leur destruction, Shidou rencontre également Ratatoskr, une faction dédiée à la protection des Spirits. Remarquablement, cette organisation est dirigée par sa propre sœur, Kotori. Elle recrute Shidou pour aider à neutraliser la menace par une méthode particulière : il doit faire tomber les Spirits amoureux de lui. Alors que la survie de la planète est en jeu, Shidou doit compter sur sa prouesse romantique pour charmer chaque Spirit et sceller leur pouvoir.