Depuis la nuit des temps, l'humanité est restée dans l'ignorance des mystères de la mort, mais la question de ce qui arrive à l'âme après la mort trouve bientôt une réponse pour Yuzuru Otonashi, 17 ans. En se réveillant sans souvenirs dans une dimension entre la vie et la mort, il découvre la troublante vérité de l'au-delà. Cet étrange royaume, qui prend la forme d'un lycée, sert de sanctuaire pour ceux qui ont subi une mort injuste. Se sentant trahis par Dieu durant leur vie, les étudiants ont formé l'Afterlife Battlefront, un groupe rebelle déterminé à s'opposer à leur présidente du conseil étudiant quasi-divine, Kanade "Angel" Tachibana. Leur leader, Yuri Nakamura, recrute Otonashi pour se joindre à leur cause et prendre le contrôle de leurs propres destins. Cependant, doutant de la moralité de leur rébellion, Otonashi infiltre les rangs ennemis pour obtenir un aperçu de la perspective de leur destin commun.