Depuis la nuit des temps, l'humanité ignore les mystères de la mort, mais Yuzuru Otonashi, 17 ans, trouve bientôt des réponses. Se réveillant sans souvenirs dans une dimension entre la vie et la mort, il découvre la vérité troublante de l'au-delà. Ce royaume étrange, prenant la forme d'un lycée, sert de sanctuaire à ceux ayant subi une mort injuste. Se sentant trahis par Dieu durant leur existence, les élèves ont créé l'Afterlife Battlefront, un groupe rebelle résolu à s'opposer à Kanade "Angel" Tachibana, la présidente du conseil étudiant quasi-divine. Leur leader, Yuri Nakamura, recrute Otonashi pour rejoindre leur cause et reprendre le contrôle de leurs destins. Pourtant, doutant de la moralité de cette rébellion, Otonashi infiltre les rangs ennemis pour mieux comprendre la perspective de leur destin commun.