Synopsis
En 2148, deux ans après la conclusion de la série télévisée Fafner in the Azure, l'île de Tatsumiya et ses habitants restants ont atteint un certain degré de reconstruction. Cependant, la situation du protagoniste Kazuki s'est aggravée : presque aveugle et partiellement paralysé à cause de ses combats contre les Festum deux ans plus tôt, il s'accroche à la promesse faite par son ami tombé au combat, Soushi, de revenir sur l'île et de remettre les choses en ordre. L'espoir de Kazuki renaît lorsqu'une forme de vie est détectée à bord d'un sous-marin sans équipage dérivant dans la baie de Tatsumiya une nuit, mais la personne à bord n'est pas Soushi — c'est plutôt un mystérieux garçon nommé Misao Kurusu, qui pourrait ne pas être entièrement humain et prétend avoir été envoyé par Soushi. Avec l'arrivée de Misao, le conflit entre l'Armée humaine et les Festum se rallume, et les pilotes de Fafner affrontent leur bataille la plus désespérée à ce jour, cette fois avec le sort de deux races en jeu.