En l'an 0079 du Siècle Universel, l'humanité s'est étendue dans l'espace, résidant dans des colonies spatiales appelées « Sides ». L'un de ces Sides se proclame « Principauté de Zeon » et déclenche une guerre contre la Fédération Terrestre, l'autorité gouvernante qui contrôle la Terre. Utilisant de puissants robots humanoïdes appelés « mobile suits », Zeon prend rapidement l'avantage.
Neuf mois après le début de la guerre, la Fédération Terrestre a créé son propre mobile suit redoutable, le Gundam. Lorsque Zeon attaque la colonie abritant le Gundam, un civil de 15 ans nommé Amuro Ray est soudainement plongé dans une bataille qui l'entraîne à travers la Terre et l'espace, opposé au pilote d'élite ennemi, Char Aznable.