Synopsis
Cette saison fait directement suite à Zero Duel Masters, en conservant son cadre, son intrigue et son casting alternatifs. La seule différence entre les deux saisons est le passage de l'animation 2D à l'animation 3DCGI. Elle reprend après le duel entre Shobu et Hakuoh, révélant plus tard que Hakuoh et Jura travaillent de concert avec le principal antagoniste de la série, Professeur March, dont le but est de prendre le contrôle de toutes les créatures en collectant tous les Orbes de Duel.