En l'an 2220, la Terre fait face à une menace imminente d'un trou noir en expansion. Pour assurer la survie, un plan est mis en œuvre pour évacuer plus de 300 millions d'habitants. Lors d'une attaque contre le dernier convoi de transport, le Space Battleship Yamato intervient pour assurer la protection. Le vaisseau est désormais sous le commandement de Susumu Kodai, accompagné de sa fille Miyuki, l'enfant de Susumu et Yuki.
