Trouver un trésor est toujours difficile ! Mais rien n'est impossible pour Doraemon et ses outils magiques. Alors, avec l'aide de Doraemon, Nobita et le reste de la bande prennent la mer à bord d'un navire pour chasser le trésor sur une île. Cependant, en chemin, le navire est presque détruit, ce qui oblige Nobita à échouer sur une île avec un jeune pirate, tandis que Doraemon et les autres se retrouvent pris dans une guerre entre pirates. Et ainsi, leur aventure commence...