Synopsis
Sur un désert isolé de la planète Zi, un garçon nommé Van tombe sur une installation abandonnée et en ruine. À l'intérieur, il découvre un mystérieux cocon opaque qui se fissure tout seul, révélant un robot ressemblant à un dinosaure appelé « Organoid ». Van nomme la créature Zeke et se l'approprie, mais bientôt une bande de pillards le poursuit pour s'emparer de l'Organoid. Ces pillards sont armés de « Zoids », des unités mécaniques en forme de bêtes conçues pour le combat. Van parvient à les repousser en ravivant et en fusionnant avec un vieux Zoid connu sous le nom de « Shield Liger ». Van retourne à l'installation avec Zeke et trouve un autre cocon. Excité à l'idée d'un second Organoid, il regarde le cocon s'ouvrir – mais au lieu d'un robot, une fille en émerge. Elle n'a aucun souvenir de son passé, ne connaissant que son nom, Fiona, et qu'elle doit trouver un objet appelé « Zoid Eve ». Déterminé à découvrir la vérité derrière son existence, Fiona part avec Van et Zeke pour percer le mystère de ce qu'est réellement le Zoid Eve. Au cours de leur voyage, le trio rencontre de nombreux alliés et ennemis, affrontant divers dangers et partageant des moments de légèreté en chemin.