Quince años tras el desastroso Segundo Impacto, la humanidad enfrenta el asedio de los Ángeles, seres colosales que atacan sucesivamente a Tokio-3. Las fuerzas militares, a pesar de emplear su tecnología y tácticas más avanzadas, resultan impotentes contra tales amenazas. La única esperanza recae en NERV, una organización secreta dirigida por el impasible Gendou Ikari, que controla a los Evangelion, robots humanoides gigantes dotados de armamento de última generación y barreras defensivas denominadas Campos de Terror Absoluto para combatir a los Ángeles.
Shinji Ikari, un chico de 14 años, regresa a Tokio-3 después de años de abandono por parte de su padre. Lucha constantemente contra el profundo trauma derivado de la pérdida de su madre y del distanciamiento emocional de Gendou. Temeroso de establecer conexiones, su vida cambia al conocer a Misato Katsuragi, una oficial de alto rango de NERV de 29 años que le brinda el calor maternal que nunca ha experimentado.
Un ataque repentino de un Ángel fuerza a Shinji a actuar, revelando el verdadero motivo de su convocatoria: Shinji es el único capaz de pilotar eficazmente la Unidad Evangelion-01, un nuevo robot que se sincroniza con sus señales biológicas. A pesar del severo tormento psicológico que implica el pilotaje de un Evangelion, Shinji se enfrenta a la amenaza angelical para defender Tokio-3, sin ser consciente de los oscuros planes de su padre.