Tras su decisión de testificar contra el alborotador presidente del consejo estudiantil Katsuhiko Jinnai por presuntamente sobornar a clubes durante las recientes elecciones, Makoto Mizuhara se encuentra perseguido por Jinnai, quien busca silenciar a su autoproclamado rival. Durante esta persecución, el tiempo se congela para todos excepto Makoto. Confundido, explora el campus y descubre una luz brillante que emana del sótano sellado de la escuela, donde un antiguo artefacto ha sido recientemente desenterrado. Cuando Makoto se acerca al relicario, que está rodeado de hebras de luz, una mujer de otro mundo emerge de él, declarando que ha esperado diez milenios por este momento. Desvaneciéndose debido a las edades transcurridas, emplea sus últimas reservas de poder para transportar al desconcertado Makoto a un reino diferente conocido como El-Hazard. La teletransportación también atrapa a otros presentes en la escuela: Jinnai; Masamichi Fujisawa, un instructor alcohólico; y Nanami Jinnai, la decidida hermana del presidente del consejo estudiantil. Estos cuatro son lanzados al maravilloso y grandioso mundo de El-Hazard, donde se enredan en las vidas de sus residentes y emprenden una aventura repleta de humor, peligro y romance.