Ryouma Echizen, ein Tennis-Ass im ersten Jahr, und das Tennisteam der Seishun Academy sind beim nationalen Turnier angekommen, bereit, um den Titel zu kämpfen und ihren Sieg zu sichern. Ihr erstes Spiel bestreiten sie gegen die Higa Middle School, ein Team aus Okinawa, das als der Geheimfavorit des Turniers gilt. Als die Seishun-Spieler sehen, wie Higa mit unsportlichen Taktiken ihre ersten Gegner besiegt, sind sie entschlossen, den wahren Wert eines fairen und hart erkämpften Sieges zu demonstrieren. Im Viertelfinale treffen die Sieger dieses Spiels auf die Hyoutei Academy, einen ehemaligen Rivalen von Seishun. Nach einer Niederlage bei den Kanto-Regionalmeisterschaften ist Hyoutei entschlossen, ihre Ehre wiederherzustellen und der Welt zu beweisen, dass ihre Anwesenheit bei den Nationals, die ihnen per Sondereinladung gewährt wurde, wohlverdient ist. The Prince of Tennis: National Championship Chapter schildert den Beginn der mit Spannung erwarteten Nationals, bei denen Ryouma und seine Teamkollegen auf Gegner aus Vergangenheit und Gegenwart treffen, die jeweils unterschiedliche Philosophien über das Tennisspiel vertreten.