Die United Earth Sphere Alliance hat seit Jahrzehnten die Erde und ihre Weltraumkolonien streng kontrolliert. Nachdem die Kolonien ihren Widerstand bekundeten, wurde ihr Anführer getötet. Im Jahr After Colony 195 starten aufständische Kolonisten die „Operation Meteor“ und entsenden fünf mächtige Mobile Suits zur Erde, um Vergeltung zu üben. Diese „Gundams“, die aus nahezu unzerstörbarem Gundanium-Legierung gebaut wurden, starten eine Offensive gegen die Allianz und ihre untergeordnete Organisation OZ. Ein Gundam, gesteuert von jemandem, der den Namen des getöteten Kolonieführers Heero Yuy verwendet, stürzt nach einem atmosphärischen Duell mit OZs Spitzenpilot Zechs Marquise ins Meer. Als er das Ufer erreicht, wird er von Relena Peacecraft entdeckt, der Tochter eines für den Frieden eintretenden Politikers, die Heeros Abstieg miterlebt. Obwohl keiner von ihnen es noch versteht, wird diese Begegnung ihr beider Leben tiefgreifend beeinflussen, ebenso wie das der Menschen auf der Erde und in den Weltraumkolonien.

In diesem Teil

Im After Colony 196, ein Jahr nach dem intergalaktischen Bürgerkrieg, befinden sich die Erde und ihre Kolonien in einem fragilen Zustand der Stagnation. In dem Glauben, dass ihre Gundam-Mobile Suits ihren Zweck überlebt haben, beschließen die Kriegshelden Duo Maxwell, Heero Yuy, Trowa Barton und Quatre Raberba Winner, die Waffen zu entsorgen, indem sie sie in die Sonne werfen. Doch der universelle Frieden wird noch vor der Ankunft der Gundams an ihrem Ziel durch das Aufkommen von Mariemaia Khushrenada gestört, dem einzigen Kind des ehemaligen tyrannischen Aristokraten Treize. Mariemaia entführt die Diplomatin Relena Peacecraft und enthüllt die "Operation Meteor", mit dem Ziel, Treizes Traum der Weltherrschaft aus dem Jenseits zu vollenden. Unterstützt von dem ehemaligen Gegner Zechs Marquise und seinem Mobile Suit Tallgeese, müssen die heldenhaften Piloten ihre Gundams zurückholen, um einen letzten Krieg gegen das Khushrenada-Regime zu führen, was auch die Konfrontation mit ihrem ehemaligen Kameraden Wufei Chang beinhaltet, der nun Mariemaias Zielen die Treue geschworen hat.