Tief unter der Erde erstreckt sich eine gewaltige Kluft, der Abyss, die von seltsamen Kreaturen und uralten Relikten aus längst vergangenen Zeiten wimmelt. Ihre Ursprünge und das, was in ihrer tiefsten Stelle existiert, bleiben ungelöste Rätsel, die unzählige Forscher, genannt Divers, dazu brachten, ihr Leben zu riskieren, um sie zu lüften, indem sie in die dunkelsten Bereiche hinabsteigen. Die geschicktesten und mutigsten Divers – die White Whistles – gelten als Legenden unter denen, die oben verbleiben.
Riko, die Tochter der verschollenen White Whistle Lyza the Annihilator, träumt davon, in die Fußstapfen ihrer Mutter zu treten und die entferntesten Tiefen des Abyss zu erkunden. Allerdings ist sie nur eine unerfahrene Red Whistle, der nicht gestattet ist, weiter als bis zur obersten Schicht vorzudringen. Eines Tages entdeckt sie einen mysteriösen Roboter, der wie ein gewöhnlicher Junge aussieht. Sie nennt ihn Reg, und er besitzt keine Erinnerung an das, was vor seiner Entdeckung geschah. Überzeugt davon, dass die Technologie hinter Reg aus den Tiefen des Abyss stammen muss, beschließen die beiden, in die Kluft aufzubrechen – Reg, um seine verlorenen Erinnerungen wiederzuerlangen, und Riko, um den Grund der großen Grube mit eigenen Augen zu sehen. Doch ihnen ist nicht bewusst, welche grausamen Wahrheiten sie in der wahren Realität des Abyss erwarten.