Handlung
Nach einer Reihe chaotischer Ereignisse nehmen Sousuke Sagara, Sergeant der Mithril-Söldner, und die Oberschülerin Kaname Chidori, eine sogenannte „Whispered“, ihren Schulalltag wieder auf. Sousuke bemüht sich, sich unter die Zivilbevölkerung zu mischen, während er seiner verdeckten Arbeit nachgeht, und Kaname versucht, ihn zu unterstützen – auch wenn seine übertriebenen Methoden sie oft frustrieren. Doch gerade als sich ihr Leben einpendelt, tauchen neue Bedrohungen auf. Eine unabhängige terroristische Fraktion namens Amalgam erscheint, und interne Konflikte innerhalb von Mithril drohen die Organisation durch Misserfolge und Verrat zu spalten. Neue, hochmoderne Arm Slave-Modelle verschärfen die Gefahr, während der Weltfrieden auf dem Spiel steht. Während Kaname und Sousuke mit ihren persönlichen Kämpfen inmitten von Konflikten auf Leben und Tod ringen, werden sie in der Lage sein, die richtigen Entscheidungen zu treffen und ihr eigenes Schicksal zu gestalten?
Hintergrund
Die ersten 4 Episoden von Full Metal Panic! The Second Raid sind Anime-original. Die restlichen Episoden adaptieren die Romane 4 und 5 der von Shoji Gatoh geschriebenen Light-Novel-Reihe Full Metal Panic!