L'onmyoudou fut autrefois une art magique puissant exploité par le Japon durant la Seconde Guerre mondiale pour assurer sa domination et en faire une nation redoutable. Cependant, cette ascension s'effondra rapidement lorsque Yakou Tsuchimikado, un célèbre onmyouji, provoqua la « Grande Catastrophe Spirituelle », un événement qui hante encore Tokyo aujourd'hui. En réaction à ce désastre, l'Agence Onmyou fut créée afin d'exorciser de futures catastrophes spirituelles et de combattre les démons surgissant dans le monde.
À l'époque contemporaine, l'onmyoudou s'est modernisé, rationalisé et perfectionné pour s'appliquer à divers secteurs, incluant la médecine et la technologie. Pourtant, la capacité de maîtriser cette magie n'est pas universelle, comme en témoigne Harutora, un membre de la branche secondaire de la famille Tsuchimikado. Bien qu'il ait prêté un ancien serment de protéger Natsume, l'héritière de la branche principale Tsuchimikado et présumée réincarnation de Yakou, en tant que son familier, Harutora, manquant de talent, a préféré mener une vie ordinaire. Toutefois, lorsqu'un haut dignitaire de l'Agence Onmyou tente de reproduire l'expérience ayant conduit à la défaite du Japon, il décide de tenir sa promesse et de se battre aux côtés de Natsume.