Após um atentado terrorista contra uma usina nuclear no Japão, resta apenas a palavra "VON", pintada de vermelho. O governo fica paralisado diante da incapacidade de reagir, enquanto as forças policiais se esforçam para rastrear os responsáveis. O público permanece no escuro até que, seis meses depois, um vídeo misterioso aparece online. Nele, dois adolescentes que se autodenominam "Sphinx" lançam um desafio direto à polícia, ameaçando espalhar caos e destruição por Tóquio. Enquanto o pânico em massa se alastra pela cidade e as pistas continuam escassas, a polícia luta para montar uma resposta eficaz, com o Detetive Kenjirou Shibazaki no centro da turbulência.
Zankyou no Terror acompanha Nine e Twelve, os dois jovens por trás das identidades mascaradas da Sphinx. Eles não deveriam existir, mas permanecem firmes em um mundo de mentiras e segredos, colocando a cidade de joelhos enquanto buscam enterrar seu próprio passado trágico.