Quando Yun Arikawa e seu parceiro Haberu Katou investigam uma casa supostamente assombrada, eles inadvertidamente descobrem um mistério que em breve engolirá todo o planeta. Enquanto medem ondas de rádio incomuns, são contatados por Mei Kamino, uma estudante de pós-graduação que estuda o mesmo sinal e utiliza equipamentos instalados anteriormente pela empresa deles. Após uma noite bizarra, Yun retoma seu trabalho na Ootaki Factory, uma empresa de tecnologia dedicada a construir Jet Jaguar, um robô idealizado por Gorou Ootaki, um teórico da conspiração. No entanto, quando criaturas voadoras semelhantes a dinossauros, conhecidas como Rodan, são atraídas pelos sinais estranhos, Jet Jaguar parece ser a única defesa contra elas. Enquanto Yun e Mei investigam o súbito aparecimento dos Rodans, monstros mais perigosos emergem do mar junto com uma enigmática poeira vermelha.