Après avoir décidé de témoigner contre le turbulent président du conseil des étudiants Katsuhiko Jinnai, accusé d’avoir soudoyé des clubs lors des récentes élections, Makoto Mizuhara se retrouve poursuivi par Jinnai, qui cherche à faire taire son rival autoproclamé. Au cours de cette poursuite, le temps se fige pour tout le monde sauf Makoto. Confus, il explore le campus et découvre une lueur émanant du sous-sol scellé de l’école, où un artefact ancien vient d’être mis au jour. Alors que Makoto s’approche de la relique, entourée de fils lumineux, une femme venue d’un autre monde en émerge, déclarant qu’elle a attendu ce moment pendant dix mille ans. S’affaiblissant avec le temps, elle utilise ses dernières réserves de puissance pour transporter le Makoto perplexe dans un royaume différent appelé El-Hazard. La téléportation emporte également d’autres personnes présentes à l’école : Jinnai, Masamichi Fujisawa, un instructeur alcoolique, et Nanami Jinnai, la sœur déterminée du président du conseil des étudiants. Ces quatre personnes sont projetées dans le monde merveilleux et grandiose d’El-Hazard, où elles s’impliquent dans la vie de ses habitants et se lancent dans une aventure débordante d’humour, de périls et de romance.