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Le scientifique inventif Rintarou Okabe, animé par une soif dévorante de découvertes, fonde le Future Gadget Laboratory avec sa colocataire Mayuri Shiina, une amie au grand cœur mais peu douée, et Itaru Hashida. Leur objectif est de créer des avancées technologiques défiant l'entendement humain, bien que leur seule invention notable à ce jour soit un micro-ondes capable de transformer des bananes en une boue verte. Lorsqu'Okabe assiste à une conférence sur le voyage dans le temps, une série d'événements étranges révèle que leur gadget, le Phone Microwave, possède un potentiel bien plus vaste qu'initialement prévu. Cet appareil permet d'envoyer des messages texte vers le passé. En explorant davantage cette machine à voyager dans le temps de fortune, Okabe attire les foudres de l'organisation obscure SERN. Cette découverte révolutionnaire plonge Okabe et ses amis dans un danger permanent. Tandis qu'il tente de réparer les dégâts infligés à la chronologie par son invention, Okabe se bat non seulement pour protéger ses proches, mais aussi pour préserver sa propre santé mentale qui commence à vaciller.

En 2010, le Saint Empire de Britannia consolide sa domination militaire en conquérant le Japon. Après une défaite rapide, l'archipel est rebaptisé Zone 11, tandis que ses habitants luttent farouchement contre les occupants pour retrouver leur indépendance. Lelouch Lamperouge, un étudiant de nationalité britannienne, se retrouve piégé lors d'une fusillade entre l'armée impériale et les insurgés de la Zone 11. Il survit grâce à l'intervention soudaine d'une mystérieuse jeune fille nommée C.C., qui lui confère le Geass, le « Pouvoir des Rois ». Conscient de la puissance dévastatrice de ce don d'obéissance absolue, Lelouch embrasse un chemin périlleux en tant que justicier masqué Zero. Il mène alors une campagne impitoyable contre Britannia, déterminé à réaliser sa vengeance ultime.

Quinze ans après le désastreux Second Impact, l'humanité se trouve harcelée par des entités angéliques colossales, les Anges, qui s'attaquent successivement à Tokyo-3. En dépit du déploiement de leurs armements et stratégies militaires les plus sophistiqués, les humains demeurent impuissants face à ces adversaires. Le seul espoir réside dans la NERV, une organisation secrète dirigée par l'impitoyable Gendou Ikari. Cette entité exploite d'immenses robots humanoïdes nommés Evangelions, dotés d'armures de pointe et de boucliers protecteurs appelés Champs de Terreur Absolus, afin de contrer les Anges. Après des années d'abandon de la part de son père, Shinji Ikari, âgé de quatorze ans, fait son retour à Tokyo-3. Il lutte perpétuellement contre un traumatisme profond engendré par la disparition de sa mère et la négligence affective de son géniteur. Craignant d'établir des liens émotionnels, la vie de Shinji bascule lorsqu'il rencontre Misato Katsuragi, une officière supérieure de vingt-neuf ans au sein de la NERV, qui lui offre la chaleur maternelle qu'il n'a jamais connue. Une attaque inopinée d'un Ange contraint Shinji à l'action, révélant la véritable raison de sa convocation par Gendou : Shinji est le seul susceptible de piloter efficacement l'Evangelion Unité-01, un nouveau robot qui se synchronise avec ses signaux biologiques. Malgré les tourments psychologiques intenses provoqués par le pilotage d'un Evangelion, Shinji se dresse pour défendre Tokyo-3 contre la menace angélique, ignorant les sombres manigances de son père.

Un an après l'échec de la Rébellion Noire contre le Saint Empire de Britannia et la disparition du justicier masqué Zero, les Chevaliers Noirs, groupe de résistance de la Zone 11, sont trop affaiblis pour contrer la brutalité accrue de Britannia envers les Eleven, une répression destinée à étouffer tout espoir de futur soulèvement. Parallèlement, Lelouch Lamperouge, ayant perdu tout souvenir de sa double vie, mène une existence paisible en tant qu'étudiant au lycée d'Ashford Academy aux côtés de ses amis. C.C., son ancienne partenaire, refuse d'accepter cette situation et décide de lui rappeler son passé, espérant que le cerveau de Zero renaîsse pour mener à bien ce qu'il a commencé.

Dans un avenir lointain où les gigantesques Klaxosaurs ont réduit l'humanité à la lisière de l'extinction, les survivants se sont repliés dans des cités fortifiées connues sous le nom de Plantations. Au sein de ces enceintes, des enfants sont élevés pour piloter des méchas géants appelés FranXX en binômes mixtes, ces machines étant les seules armes capables de tenir tête aux monstres. Isolés du monde extérieur, ces jeunes gens ignorent tout de la réalité au-delà de leurs murs et ne peuvent justifier leur existence que par la défense de leur espèce. Hiro, un garçon destiné à devenir pilote, a perdu sa détermination et sa confiance après avoir échoué à un test d'aptitude. Il manque la cérémonie de remise des diplômes de sa classe et se cache près d'un lac forestier, où il croise une mystérieuse jeune fille cornue se faisant appeler Zero Two. Son code la désigne comme la tristement célèbre « Tueuse de partenaires », une pilote ayant entraîné tous ses partenaires précédents vers la mort. Avant que Hiro ne puisse pleinement saisir la portée de cette rencontre, un Klaxosaur attaque la Plantation. Zero Two affronte la créature dans son FranXX mais subit de lourds dégâts et s'écrase près de Hiro. Constatant que son partenaire précédent est mort, elle invite Hiro à prendre les commandes. Ensemble, ils vainquent le Klaxosaur avec une facilité déconcertante. Désormais lié à une nouvelle partenaire, Hiro entrevoit une chance de rédemption, mais il doit se demander quel prix cette seconde chance exigera.

Au cœur de la terre se dresse un immense gouffre nommé l'Abysse, peuplé d'espèces étranges et truffé de reliques issues d'ères passées. Ses origines et la nature de ses profondeurs les plus abyssales demeurent des énigmes que d'innombrables explorateurs, surnommés les Plongeurs, ont tenté de percer en plongeant dans ses ténèbres les plus sombres. Parmi eux, les Sifflets Blancs, ces Plongeurs au courage et à la compétence légendaires, sont vénérés par ceux qui vivent en surface. Riko, fille de la disparue Lyza l'Annihilatrice, une célèbre Sifflet Blanc, aspire à suivre les traces de sa mère et à explorer les niveaux les plus profonds de l'Abysse. Toutefois, en tant que novice Sifflet Rouge, elle n'a le droit de descendre que jusqu'à la couche la plus haute. Un jour, elle découvre un mystérieux robot ayant l'apparence d'un garçon ordinaire. Elle lui donne le nom de Reg, qui ne conserve aucun souvenir de sa vie avant d'être trouvé. Confiante que la technologie constituant Reg provient des entrailles de l'Abysse, les deux enfants décident de plonger ensemble dans le gouffre : Reg pour retrouver ses souvenirs perdus et Riko pour contempler de ses propres yeux le fond du grand puits. Pourtant, ils ignorent encore les vérités cruelles qui les attendent au sein de la réalité véritable de l'Abysse.

Le 24 décembre 2029, une date qui passera à la postérité sous le nom de « Noël perdu », le virus de l'Apocalypse dévaste le Japon, causant une hécatombe et plongeant la nation dans un chaos absolu. Pour tenter de rétablir l'ordre, les Nations unies déploient le GHQ afin de contenir l'épidémie, une manœuvre qui aboutit à l'éviction totale de l'indépendance politique japonaise. Dix ans plus tard, le pays demeure sous la lourde tutelle du GHQ, incapable de secouer son joug. Rongé par le mécontentement face à cette situation, un groupe de rebelles nommé « Funeral Parlor » tente de libérer le Japon de l'emprise du GHQ. Dirigé par le charismatique Gai Tsutsugami, ce groupe projette de s'emparer d'une fiole contenant le « Void Genome » pour servir sa cause. Ce précieux artefact finit par tomber aux mains d'Inori Yuzuriha, une chanteuse en ligne qui se retrouve alors traquée par les forces anti-corps du GHQ. Sans issue, elle se réfugie dans un entrepôt où elle croise la route de Shuu Ouma, un lycéen maladroit et fervent admirateur de sa musique. Dès que Shuu décide d'aider Inori, il est entraîné dans la tourmente ; la fiole du Void Genome se brise dans sa main, lui octroyant le « Power of the Kings ». Tandis qu'il lutte pour maîtriser cette redoutable nouvelle capacité, Shuu se voit contraint de se battre pour arracher le Japon à ses oppresseurs cruels.

À la suite du décès d'un ami proche, Shinji Ikari sombre dans un coma émotionnel. Incapable de piloter l'Evangelion Unit-01 en raison de son état mental, Shinji force la NERV de Gendou Ikari à engager une course contre le temps face à l'organisation secrète SEELE, chacun cherchant à exécuter son plan ultime en premier. Alors que SEELE vise la création d'une entité divine en fusionnant les âmes humaines au sein d'une unité Evangelion, Gendou ambitionne de ramener toute l'humanité à une forme primordiale unique pour retrouver Yui, son épouse décédée. SEELE déploie son armée pour lancer une attaque mortelle sur le quartier général de la NERV. Tandis que les troupes de SEELE massacrent les scientifiques et le personnel de sécurité, Asuka Langley Souryuu pilote l'Evangelion Unit-02 pour mener une défense ultime et désespérée contre les armes les plus puissantes de l'ennemi. Les tensions s'accroissent alors qu'un Shinji abattu se cache au plus profond de la NERV. Avec le destin du monde entre les mains de Shinji, le capitaine Misato Katsuragi cherche désespérément l'adolescent tandis que la société s'effondre autour d'eux.

À la suite de son échec aux examens d'entrée à l'université, Tsukasa Mizugaki, âgé de dix-huit ans, trouve un emploi à la Sion Artificial Intelligence Corporation grâce à ses relations personnelles. Cette entreprise produit des Giftias, des androïdes sophistiqués quasi indistinguables des humains, mais dont la durée de vie est limitée à 81 920 heures, soit environ neuf ans et quatre mois. Tsukasa est affecté au Terminal Service One, une unité chargée de récupérer les Giftias ayant atteint leur date d'expiration pour éviter qu'ils ne perdent leurs souvenirs et ne deviennent hostiles. Peu après son arrivée, il est jumelé avec Isla, une Giftia d'une beauté époustouflante et une vétérane du Terminal Service. Malgré sa petite taille et son air calme, elle est considérée comme la meilleure experte en récupération de Giftias. Alors que leur temps ensemble s'écoule, Tsukasa doit faire face à son affection grandissante pour Isla, réalisant que, quoi qu'on souhaite, rien ne dure éternellement.

La République de San Magnolia affirme que son conflit contre l'Empire Giadian se déroule sans pertes humaines, une pure propagande. Tandis que les Alba aux cheveux argentés des quatre-vingt-cinq secteurs vivent protégés derrière leurs murs, des individus d'apparence différente sont relégués dans une faction secrète, la quatre-vingt-sixième. Désignés par l'armée comme les Eighty-Six, ils sont forcés d'affronter la Légion autonome de l'Empire sous les ordres des « Handlers » de la République. Vladilena Milizé est désignée comme nouvelle Handler pour l'escadron Spearhead, prenant la suite de son prédécesseur. Bannie par ses pairs pour sa défense des Eighty-Six, elle combat une discrimination inhumaine. Shinei Nouzen commande l'escadron Spearhead ; surnommé pour être le seul survivant de chaque escouade qu'il a rejointe, il porte avec lui les noms et les vœux de ses camarades tombés au combat. Lorsque les destins de ces deux jeunes âmes issues de mondes distincts s'entrecroisent, leur rencontre suscitera-t-elle l'étincelle d'un chemin vers le salut, ou les consumera-t-elle dans les flammes du désespoir ?

Après avoir échoué à sauver Makise Kurisu, Rintarou Okabe, l'excentrique savant fou autoproclamé, ne représente plus qu'une coquille vide. Accablé par la dépression, il délaisse son alter ego de scientifique pour mener une existence d'étudiant ordinaire, tentant d'ensevelir les horreurs de ses expériences de voyage dans le temps au milieu d'amis ignorants de son passé. Alors qu'il travaille comme réceptionniste dans un forum technologique, Okabe rencontre Maho Hiyajo, une jeune femme pleine d'entrain qui servira plus tard d'interprète lors d'une présentation du professeur Alexis Leskinen. Durant cet événement, Alexis et Maho dévoilent Amadeus, une IA révolutionnaire capable de simuler avec une fidélité parfaite les souvenirs, la personnalité et les particularités d'un individu. Après la démonstration, Okabe apprend que Maho et Alexis étaient des collègues universitaires de Kurisu ayant créé une simulation numérique de celle-ci. Chargé par Alexis d'étudier le comportement de l'IA, Okabe obtient l'opportunité d'interagir avec l'écho numérique de son amie perdue. Pris dans un enchevêtrement dangereux avec le passé, il doit affronter des réalités cruelles et naviguer à travers les conséquences périlleuses de l'altération du flux naturel du temps.

Lain Iwakura, une adolescente de quatorze ans timide et maladroite socialement, reçoit un message électronique étrange de Chisa Yomoda, une camarade de classe qui s'est récemment suicidée. Bien que dépourvue d'intérêt ou d'expérience technologique, Lain ouvre le courriel, ce qui la projette dans le Wired, un réseau numérique de communication analogue à Internet. Son existence est bouleversée par une série d'énigmes mystérieuses. Des individus appelés Men in Black apparaissent dans son entourage, l'interrogeant avec une connaissance de sa vie qui dépasse sa propre conscience. À mesure que la frontière entre la réalité physique et le cyberespace s'estompe, Lain est entraînée dans des situations de plus en plus surréalistes qui défient les conceptions traditionnelles de l'identité, de la conscience et de la perception. Créée par Chiaki J. Konaka, l'auteur de Texhnolyze, Serial Experiments Lain est un mystère psychologique et avant-gardiste suivant les décisions cruciales de Lain, résonnant à la fois dans le monde tangible et dans le Wired. Seule Lain peut saisir le véritable poids de ces doubles existences alors qu'un royaume se ferme et qu'un autre s'ouvre.

Le premier jour de sa seconde année de lycée commence mal pour Naho Takamiya. Après s'être réveillée en retard, elle découvre une lettre mystérieuse à son adresse, envoyée par elle-même depuis dix ans dans le futur. Bien que sceptique au départ, Naho finit par accepter que le message vient de son moi âgée de 26 ans lorsque les événements qu'il décrit se produisent exactement comme annoncé. La lettre révèle que sa vie future est remplie de regrets et exhorte son moi plus jeune à corriger les erreurs du passé. Elle l'avertit également de surveiller de près le nouvel élève transféré, Kakeru Naruse, car il n'est plus là dans le futur. Guidée par ces missives, Naho a désormais l'opportunité de protéger Kakeru avant de se retrouver à nouveau rongée par le regret.

Makoto Konno, lycéenne en classe de terminale, peine à choisir son avenir, tiraillée entre les exigences de ses professeurs et les moments passés avec ses amis les plus proches. Sa vie bascule quand elle découvre par hasard la capacité de sauter littéralement dans le temps. Toki wo Kakeru Shoujo suit Makoto alors qu'elle explore ce nouveau pouvoir, mais elle comprend rapidement à ses dépens que chaque décision engendre des conséquences et que le temps est bien plus complexe qu'il n'y paraît.

Vers l'an 2011, une fraction de l'humanité a vu émerger des capacités psychocinétiques nommées Cantus. Plus d'un millénaire plus tard, dans le village de Kamisu 66, Saki Watanabe est la dernière de son groupe d'amis à révéler ses pouvoirs et à intégrer la Sage Academy, une école dédiée aux psychiques. Bien que tous les élèves y possèdent le Cantus, ils ne bénéficient pas d'un traitement égal ; peu après l'arrivée de Saki, un camarade jugé faible disparaît mystérieusement. Un jour, en rentrant chez elle accompagnée de ses amis — Maria Akizuki, déterminée ; Shun Aonuma, d'une grande intelligence ; Satoru Asahina, perspicace ; et Mamoru Itou, timide — elle croise la route de deux créatures inconnues appelées Monster Rats. Ces êtres ressemblant à des taupes vénèrent comme des dieux ceux qui maîtrisent le Cantus. Lorsque Saki utilise son pouvoir pour venir en aide à l'un d'eux dans une situation critique, elle est accueillie avec une profonde reconnaissance. S'interrogeant désormais sur la place des Monster Rats au sein de la société, Saki et ses compagnons découvrent une autre disparition. Avec le temps, ils cherchent progressivement des réponses aux mystères qui les entourent et commencent à réaliser que ce nouveau monde, en apparence parfait, dissimule l'histoire sombre de l'humanité.

Katsuhira Agata est un lycéen timide et introverti ayant presque totalement perdu la capacité de ressentir la douleur. Chidori Takashiro, sa camarade de classe, figure parmi les rares à se souvenir de ce qu'il était avant cette transformation radicale. Son air indifférent et distant en fait une proie facile pour des voyous qui lui extorquent de fortes sommes d'argent, n'hésitant pas à le frapper sans obtenir de réaction significative, car il demeure émotionnellement détaché. Un jour, Katsuhira, Chidori et quatre autres adolescents sont enlevés et contraints de participer au Système Kizuna en tant que « Kiznaivers » désignés. Ce réseau lie les participants par le biais d'une douleur partagée : lorsqu'un membre est blessé, tous les autres ressentent exactement le même niveau de souffrance. Considérés comme des sujets d'expérimentation pour un système défectueux censé instaurer la paix mondiale, ces jeunes sont désormais liés par le destin. Pour survivre, ils doivent révéler leur véritable visage les uns aux autres, sous peine de faire face à des conséquences bien plus graves que l'échec du Système Kizuna.

Ichirou Inuyashiki, un homme de 58 ans, traverse une épreuve particulièrement sombre. Si ses douleurs chroniques au dos sont atroces, elles pâlisent devant l'indifférence glaciale et le mépris que lui réservent sa femme et ses enfants. Pourtant, Ichirou trouve un réconfort inattendu auprès de Hanako, un Shiba Inu abandonné qu'il a recueilli. Son existence bascule lorsque des examens de routine révèlent un cancer de l'estomac, lui laissant seulement trois mois à vivre ; bien qu'il tente de garder le moral, l'apathie de sa famille le pousse à un effondrement émotionnel total. Il s'enfuit alors vers un champ voisin, serrant son chien contre lui en pleurant, jusqu'à ce qu'il aperçoive une silhouette étrange se tenant devant lui. Soudain, un éclair aveuglant engloutit Ichirou dans un tourbillon de fumée et de débris. Lorsqu'il reprend conscience, il réalise qu'une transformation radicale a eu lieu : il est devenu une arme mécanisée dissimulée sous son apparence humaine. Bien que surpris initialement, Ichirou, animé par un cœur pur, utilise rapidement ses nouveaux pouvoirs pour sauver une personne, un acte qui l'envahit de joie et lui confère un nouveau sens à la vie. Cependant, l'origine de ces pouvoirs demeure un mystère. Qui était cette figure énigmatique présente au lieu de l'explosion, et partage-t-elle les intentions bienveillantes d'Ichirou dans sa manipulation de cette force dangereuse ?

Bien que l'Escadron Spearhead ait disparu à l'horizon, la propagande de la République de San Magnolia se poursuit sans faiblir. Vladilena Milizé continue d'exercer ses fonctions de « Handler One », dirigeant une nouvelle unité du 86e secteur déshumanisé dans la guerre contre la Légion. Sur le front occidental, Shinei Nouzen et son escouade sont placés en quarantaine au sein d'une base militaire de la République fédérale de Giad, jadis l'Empire giadien. Le nouveau gouvernement octroie aux survivants du 86e la pleine citoyenneté et la liberté. Accueillis par le président Ernst Zimmerman, ils font la connaissance de sa fille adoptive, Augusta Frederica Adel-Adler, la dernière impératrice. Pourtant, au sein de cette société paisible et douce, Shinei et ses compagnons ressentent que leur véritable vocation réside sur le champ de bataille. Ils se retrouvent bientôt au cœur de l'assaut de la Légion en tant que membres de l'escadron Nordlicht de la Fédération, accompagnés par Augusta Frederica. Alors que l'histoire semble se répéter, ils comprennent que, quel que soit le camp pour lequel ils combattent, la mort et la souffrance au front demeurent leur seul réconfort familier.

Un an après son séjour en Amérique, Kurisu Makise revient à Akihabara pour retrouver Rintarou Okabe. Cependant, leur retrouvailles sont troublées lorsque Okabe est hanté par des visions récurrentes d'autres lignes temporelles, signe que les conséquences de ses voyages dans le temps commencent à se manifester. Ces effets aboutissent finalement à la disparition soudaine d'Okabe, laissant seule Kurisu, profondément choquée, conserver le souvenir de lui. Face au désespoir, Kurisu se voit contrainte de prendre une décision difficile qui met à l'épreuve ses principes scientifiques et son dévouement amical : elle doit choisir entre suivre l'avertissement d'Okabe consistant à éviter les voyages dans le temps pour préserver les lignes du monde, ou l'ignorer afin de sauver la personne qu'elle tient le plus au cœur. Quelle que soit la voie qu'elle emprunte, son choix aura des répercussions sur le passé, le présent et le futur.

Dans un futur ravagé où Tokyo-3, une métropole japonaise lourdement fortifiée, demeure le dernier refuge de l'humanité, l'histoire met en scène Shinji Ikari, quatorze ans. Ce dernier est convoqué au quartier général souterrain de la NERV, une organisation dirigée par son père, Gendou, avec qui il vit séparé. On lui demande de piloter un Evangelion, un mécha géant à forme humaine créé pour se battre contre les Angels, des entités extraterrestres monstrueuses dont les attaques dévastatrices menacent l'existence même de l'humanité. Bien que réticent au départ, Shinji finit par accepter de s'engager dans cette lutte désespérée contre la menace alien en tant que pilote de l'Evangelion Unit-01, espérant ainsi renouer avec son père. Jeté au cœur d'un conflit périlleux, il doit trouver la force et la détermination nécessaires pour affronter les assauts des Angels avant qu'il ne soit trop tard.

Face à une menace des Anges grandissante, les forces de défense humaines sous le commandement de la NERV atteignent leurs limites. Shinji Ikari et Rei Ayanami sont rejoints par deux nouveaux pilotes : Asuka Langley Shikinami, pleine d'ardeur, et Mari Illustrious Makinami, d'une nature énigmatique. À bord de leurs Evangelion, dotés d'armements spéciaux conçus pour contrer ces géants hostiles, les quatre adolescents se battent courageusement pour sauver leurs proches et prévenir une apocalypse imminente. Pourtant, la révélation de vérités bouleversantes pourrait les obliger à faire face à une réalité effrayante : leur ennemi le plus terrible n'est peut-être pas les Anges, mais l'humanité elle-même.

Après avoir surmonté les épreuves féroces d'Idofront, Riko détient désormais un Sifflet Blanc, lui ouvrant la porte vers la sixième couche de l'Abysse, la Capitale des Sans-Retour. Accompagnée de Reg et de Nanachi, elle se lance à l'exploration de ces terres inconnues où reposent les ruines de la légendaire Cité Dorée. Tandis que le trio tente de s'adapter à un environnement hostile, ils font rapidement face à des créatures menaçantes et à un terrain traître. Leur voyage les conduit jusqu'à un village habité par des êtres étranges nommés les hollows. Malgré l'ambiance inquiétante qui les accueille, les trois aventuriers persistent pour percer les mystères de cette colonie et déterrer les héritages oubliés laissés par ceux qui sont autrefois descendus dans les horreurs inexplorées de l'Abysse.

Unis par un deuil commun, Nanachi, lasse, accompagne Riko et Reg dans leur descente vers les profondeurs de l'Abyss. Ils doivent traverser la Mer des Cadavres, la cinquième couche, qui marque la limite ultime pour un retour sans perte d'humanité. Sur leur route se dresse Bondrewd, un sadique masqué dont le laboratoire macabre constitue l'obstacle final pour quiconque souhaite aller plus loin. Ce scientifique sociopathe entend prélever un lourd tribut sur le groupe de Riko. Les méfaits passés de Bondrewd hantent Nanachi, provoquant chez elle une tourmente intérieure intense lors de leur confrontation. Le groupe découvre que la seule faille de Bondrewd est Prushka, une fille impulsive qui se prétend sa fille. Riko, Reg et Nanachi tissent des liens d'amitié avec Prushka et collaborent avec elle pour contrer les plans de son père et atteindre la sixième couche de l'Abyss.

Lorsque les ordinateurs acquièrent une apparence humaine, la notion d'amour évolue-t-elle ? Hideki Motosuwa est un jeune homme originaire de la campagne qui s'efforce de réussir ses examens d'entrée à l'université. Venu d'une famille démunie, il peine à couvrir ses besoins quotidiens, et encore moins à se procurer un Persocom, la dernière mode : un ordinateur personnel ressemblant parfaitement à un être humain. Un soir, alors qu'il rentre chez lui, il découvre un Persocom abandonné. Après l'avoir ramené et activé, il constate qu'elle semble défectueuse, ne parvenant à prononcer qu'un seul mot : « Chii », qui devient son nom. Contrairement aux autres Persocoms, Chii est incapable de télécharger des données sur son disque dur, obligeant Hideki à lui enseigner le monde de manière traditionnelle tout en préparant ses examens. Avec l'aide de ses amis, Hideki cherche à élucider le mystère entourant Chii, qui pourrait s'avérer être un « Chobit », une légende urbaine décrivant des unités spéciales dotées de véritables émotions, de pensées humaines et de la capacité d'aimer leur propriétaire. Mais une romance est-elle vraiment possible entre un Persocom et un humain ?