À l'âge de la révolution industrielle, un étrange virus donne naissance à des créatures monstrueuses appelées Kabane, qui attaquent les humains pour se nourrir. Le seul moyen de les vaincre est de briser leurs cœurs recouverts de fer. Quiconque est mordu par un Kabane est condamné à devenir l'un d'entre eux. Seules les colonies les mieux défendues ont réussi à survivre, comme l'île de Hinomoto, où d'immenses murs protègent l'humanité des hordes sans fin. L'entrée dans ces énormes forteresses est limitée aux trains blindés, construits et pilotés par de jeunes gens comme Ikoma. Ikoma a créé une arme puissante conçue pour transpercer le cœur des Kabane, et il est impatient de la tester au combat. Pourtant, son occasion de se battre arrive bien plus tôt qu'il ne l'avait imaginé.